As Crianças Escolhidas reuniram-se com os seus parceiros Digimon, que já não se lembram delas devido aos efeitos de um reinício digital. Enquanto todos tentam reconectar-se com os seus monstros digitais, Sora Takenouchi enfrenta resistência de Piyomon, que teimosamente se recusa a falar com ela. De repente, um ataque de um Digimon hostil separa o grupo, espalhando-os e os seus Digimon pelo Mundo Digital. De volta ao mundo humano, Daigo Nishijima da Agência Administrativa Incorporada recebe um aviso de que uma nova entidade está em busca de “Libra”, que ele acredita ser um pseudónimo para Meicoomon. Por alguma razão, Meicoomon mantém todas as suas memórias e, portanto, ainda se recorda da sua parceira Meiko Mochizuki, que veio sozinha ao Mundo Digital à sua procura. Se eles esperam identificar que outras forças têm estado por trás dos incidentes até agora, as Crianças Escolhidas devem sobreviver aos obstáculos do Mondo Digital recriado e encontrar o caminho de volta a casa.